Yüksek risk tipli HPV’lerin E6 ve E7 genleri hücre çoğalmasında anahtar kontrol mekanizmalarının düzenini bozan onkoproteinleri üretirler. İnsanda bulunan ve normalde kanserli hücre oluşumunu baskılayan Rb ve p53 proteinleri, HPV’nin E6 ve E7 genleri  tarafından pasifize edilerek kanser oluşumu başlatılmaktadır.

Ancak belirtmekte fayda vardır ki, birçok kişi HPV taşıyıcısı olmasına rağmen kanser oluşmamaktadır. Kanser HPV ile enfekte kişilerin pek azında gelişmektedir. Çünkü kişilerin immün sistem direnci kanser yapmasını engellemektedir.