Çölyak hastalığında HLA alt grup genleri sorumludur. HLA, İnsan Lökosit Antijeni anlamına gelir. HLA, hücrenin yüzeyindeki yabancı maddeleri (çok küçük yabancı partiküller, virüsler veya bakteriler gibi) tutan bir protein üretir. Bozulmuş (mutant) HLA DQ2 ve DQ8 genleri taşıyan bireylerin hücreleri, yabancı zararlı bir madde olarak algıladığı gluteni doğru bir şekilde ayırt edememektedir, bu da bir otoimmün reaksiyon ile sonuçlanmaktadır.